我们可以做以下理解：

       该经济业务属于非货币资产交换行为，我们分解为两步走：

       第一：甲公司在2015年1月1日将土地转让给乙公司，收取价款5000万元现金。甲公司按照转让土地使用权缴纳营业税、土地增值税等税费。

       第二：甲公司将收到的土地转让款5000万元交给乙公司，购买乙公司10000平方米的商品房，乙公司在在2017年1月1日交付。

       答案已经水落石出：

       乙公司土地成本金额是5000万元；乙公司销售不动产计征增值税，按照5000万元（换算为不含税收入）计征增值税销项（新项目）或者应纳增值税税款（老项目）；

       甲公司转让给土地使用权营业税计税依据是（5000-1000）万元。

       为什么不是1个亿呢？如果是1个亿，弱弱试问：

       如果在交房的当日，商品房的公允价值是500万元，乙公司销售不动产的计税依据是500万吗？那如果是白菜价“1毛钱”，乙公司计征营业税的计税依据就是“1毛钱”？

       这样的问题还有很多……

       理由只有一个：纳税义务发生时间的判定是该问题的核心。

在2015年1月1日的时候，应税行为已经发生，甲公司发生了转让土地使用权的行为，产生了纳税义务，达到了营业税的纳税义务发生时间的要求；乙公司同时收到了甲公司的购房款5000万元，但是没有签订正式房屋销售合同，没有产生营业税纳税义务，随着营改增工作的推进，在“应税行为完成的当日”（ 2017年1月1日），达到了增值税纳税义务发生时间的要求，计算缴纳增值税。

       仅此而已。