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JIA 2022-2期 发布

JIA 农业科学微平台 2022-03-22

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Review



Recent advances in immunocastration in sheep and goat and its animal welfare benefits: A review绵羊和山羊免疫去势及其动物福利的研究进展✺ ZENG Fan-mei, DING Yi, Teketay WASSIE, JING Hai-jing, Sohail AHMED, LIU Gui-qiong, JIANG Xun-ping

雄性动物去势是畜牧行业中一种常见的做法,目的是减少动物的攻击性行为、防止异味和控制繁殖。多年来,机械去势和手术去势被广泛应用于动物绝育。然而,这些去势方法会给动物带来疼痛和恐慌,影响动物福利。最近,针对下丘脑-垂体-性腺(HPG)轴的免疫去势被认为是传统去势的有效替代方法,避免了传统去势技术的许多缺点。一般来说,它是有效的、安全的,对动物友好,适用于所有阶段的动物。然而,目前还没有关于绵羊和山羊免疫去势的最新资料。因此,本篇综述概括了从传统手术去势到免疫去势的发展历程,比较了传统去势技术与免疫去势技术的优缺点,并总结了免疫靶标的筛选过程。功能性去势以HPG轴上的激素、基因和受体为靶标,开发针对它们的免疫去势疫苗。位于HPG轴上游的靶点,如吻素(KISS1)和促性腺激素释放激素(GnRH),已被证明能有效地降低性激素水平和抑制生殖功能。因此,开发绵羊和山羊的商业去势疫苗应通过使用HPG轴上的上游来开发。另外,本文还综述了近年来绵羊和山羊免疫去势的特点、应用及福利等方面的研究进展。总之,这篇综述为绵羊和山羊免疫去势作为手术去势的替代方法提供了有用信息。

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Cite this article: 
ZENG Fan-mei, DING Yi, Teketay WASSIE, JING Hai-jing, Sohail AHMED, LIU Gui-qiong, JIANG Xun-ping. 2022. Recent advances in immunocastration in sheep and goat and its animal welfare benefits: A review. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 299–309.



Factors affecting hydraulic conductivity and methods to measure in plants

植物导水率的影响因素及测量方法

✺ GENG Da-li, LI Lei, YANG Yu-sen, MA Feng-wang, GUAN Qing-mei

在干旱胁迫下,植物的液压网络面临数项挑战,而导水率是液压网络对干旱压力响应的主要指标之一。本文回顾了我们对直接影响水力传导率的因素及其测量方法的理解,简要介绍了植物液压网络对干旱胁迫的响应的两个主要节点:植物水通道蛋白(AQPs)和维管,并讨论了如何测量液压网络中不同部分的导水率。方法:测量导水率的方法有蒸发通量法(EFM)、高压流量计(HPFM)和真空泵法。其中EFM基于压力泵定量分析蒸腾量(E)和叶水势,需要足够高的蒸腾速率来解决压力弹的驱动梯度;HPFM基于仪器中压缩空气提供的高压下流入叶片的水质量的测量,当从叶柄流入叶片、从气孔流出的水分达到稳定状态时,可以计算出叶片的电导率,但一次只能检测一个叶子,大约需要20到30分钟才能达到稳定的流。而真空泵法是一种改进的HPFM,首先将叶子切下放入保温瓶中,叶柄与提供缓冲溶液的试管连接。真空泵抽出保温瓶的空气,并提供亚大气压以驱动缓冲液流入叶片,然后,可以通过不同压力下进入叶片的缓冲流率的回归斜率来测量叶片的电导率。结果:植物水网对干旱胁迫响应的两个主要节点,其中植物水通道蛋白(AQPs)节点是一类跨膜蛋白,由6个跨膜的外螺旋和5个环组成,形成了一个高度特殊的过滤器,只允许水通过。在干旱胁迫下,脱落酸(ABA)在木质部和其他植物组织中迅速积累,而大多数AQPs的表达随着ABA的积累而降低,根和叶中AQPs对ABA的响应不同,这对植物适应干旱胁迫具有重要意义。AQPs的活性不仅显著影响“把关”细胞的水分吸收和外质运输,同时在气孔运动中也起着重要作用。而维管节点是水从根到芽的运输工具,同时维管的特性也决定了植物的轴向水力传导性,而维管栓塞是导致植物脱水死亡的重要原因。目前测量植物导水率主要有蒸发通量法(EFM)、高压流量计(HPFM)和真空泵法这三种,其中高压流量计的应用最为广泛,但均会对植物造成损伤且检测耗时。其中EFM类似于体内的蒸腾通量,但需要足够高的蒸腾速率来解决压力弹的驱动梯度;与EFM不同,HPFM可以用于测量生长和膨胀叶片的电导率。当叶片不能充分蒸发时,HPFM方法也允许在光和温度不足的条件下测量电导率;而真空泵法是一种改进的HPFM法,这种方法对于每个样品大约需要2小时,并且亚大气压不足以模拟一个可以驱动水从叶片中流出的力。结论:高通量植物表型越来越多地应用于植物研究,因此开发用于测量导水率的高通量技术将对未来的研究极为有用。但是由于导水率受许多因素的影响,因此确保相关因素保持一周甚至更长时间内的稳定是一项重大挑战。目前蒸发通量法(EFM)、高压流量计(HPFM)和真空泵法是检测导水率三种主要的方法,但均会对植物造成损伤且耗时,因此目前急需更先进的方法来更快、更容易和更精确地测量导水率。创新点:本文简要介绍了植物水网对干旱胁迫响应的两个主要节点,植物水通道蛋白(AQPs)和维管,同时介绍了蒸发通量法(EFM)、高压流量计(HPFM)和真空泵法这三种检测植物导水率的原理及特点。进一步阐述了目前急需开发更先进的高通量技术来更快、更容易和更精确地测量导水率,这将对未来植物表型的研究意义重大。


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Cite this article:
GENG Da-li, LI Lei, YANG Yu-sen, MA Feng-wang, GUAN Qing-mei. 2022. Factors affecting hydraulic conductivity and methods to measure in plants. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 310–315.



Crop Science



Characterization and fine mapping of RTMS10, a semi-dominant reverse thermo-sensitive genic male sterile locus in rice

水稻半显性反温敏核不育基因RTMS10的鉴定与精细定位

✺ NI Jin-long, WANG De-zheng, NI Da-hu, SONG Feng-shun, YANG Jian-bo, YAO Da-nian

本研究报道了YnS反温敏核不育性状(rTGMS)的遗传规律及基因定位。YnS与正常可育材料L422杂交F1在低温22℃表现为雄性不育,在27℃条件下育性完全恢复。在YnS/L422 F2群体中,可育单株与不育单株的分离比随环境逐渐升高由1:3.05转变为2.95:1,表明rTGMS呈半显性遗传。通过BSA法分析,在第10号染色体上定位到1个与rTGMS紧密关联的主效位点,命名为RTMS10。利用YnS/L422 BC6F2(L422为轮回亲本)群体,将RTMS10精细定位在标记ID13116和ID1318之间~68kb的物理区间内。结合分子标记辅助选择,在YnS/L422 BC6F3世代获得1个L422背景的携带RTMS10的近等基因系,NL1。组织细胞学切片和扫描电镜分析发现,在低温(22℃)条件下,NL1花粉发育在减数分裂期发生明显异常。上述结果有助于对rTGMS性状和机制的理解。本研究还报道了该基因的共分离标记,将为加速反温敏核不育系的分子选育提供技术依据。

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NI Jin-long, WANG De-zheng, NI Da-hu, SONG Feng-shun, YANG Jian-bo, YAO Da-nian. 2022. Characterization and fine mapping of RTMS10, a semi-dominant reverse thermo-sensitive genic male sterile locus in rice. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 316–325.


Co-silencing E1 and its homologs in an extremely late-maturing soybean cultivar confers super-early maturity and adaptation to high-latitude short-season region

通过E1及其同源基因的共沉默创制超早熟大豆新材料

✺ LIU Li-feng, GAO Le, ZHANG Li-xin, CAI Yu-peng, SONG Wen-wen, CHEN Li, YUAN Shan, WU Ting-ting, JIANG Bing-jun, SUN Shi, WU Cun-xiang, HOU Wen-sheng, HAN Tian-fu

本研究利用RNA干扰(RNAi)技术在大豆品种自贡冬豆中同时沉默了E1E1La/b基因。结果显示,与受体品种自贡冬豆相比,RNAi株系开花期和成熟期大幅度提前,光周期敏感性明显下降。在RNAi超早熟株系中,开花抑制基因GmFT4的表达水平显著下降,而开花促进基因GmFT2a/GmFT5a的表达水平明显上升。生育期组鉴定结果显示,自贡冬豆的生育期组属于MG VIII,为极晚熟品种,而RNAi株系的生育期组为MG 000,属超早熟新种质,可在中国最北部(53.5°N)的漠河市北极村种植。本研究验证了E1E1La/b对大豆开花期和成熟期的负调控作用,创制出超早熟大豆新材料,为显著钝化大豆品种的光周期敏感性,大幅度缩短生育期,实现南方大豆种质资源在北方大豆主产区的有效利用,拓宽高寒地区大豆的遗传基础提供了新的途径。

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LIU Li-feng, GAO Le, ZHANG Li-xin, CAI Yu-peng, SONG Wen-wen, CHEN Li, YUAN Shan, WU Ting-ting, JIANG Bing-jun, SUN Shi, WU Cun-xiang, HOU Wen-sheng, HAN Tian-fu. 2022. Co-silencing E1 and its homologs in an extremely late-maturing soybean cultivar confers super-early maturity and adaptation to high-latitude short-season regions. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 326–335.



Field mold stress induced catabolism of storage reserves in soybean seed and the resulting deterioration of seed quality in the field

田间霉变诱发大豆籽粒中贮藏的物质分解并导致大豆品质劣变✺ DENG Jun-cai, LI Xiao-man, XIAO Xin-li, WU Hai-jun, YANG Cai-qiong, LONG Xi-yang, ZHANG Qi-hui, Nasir IQBAL, WANG Xiao-chun, YONG Tai-wen, DU Jun-bo, YANG Feng, LIU Wei-guo, ZHANG Jing, WU Xiao-ling, WU Yu-shan, YANG Wen-yu, LIU Jiang

本研究利用人工降雨室模拟连阴雨天气,诱发大豆籽粒田间霉变,结合转录组学和多种代谢检测平台,解析田间霉变胁迫下大豆品质劣变的生化机理。研究结果表明,田间霉变影响大豆的外观品质,霉变大豆籽粒皱缩、变形,并出现霉斑。田间霉变使大豆籽粒中蛋白质、多糖等储藏性物质的含量降低,导致籽粒百粒重显著下降。转录组分析发现,田间霉变使大豆籽粒中氨基酸代谢、糖酵解、三羧酸循环、脂肪酸β氧化等初生代谢过程加强。代谢组分析结果也表明,霉变大豆籽粒中多种氨基酸、糖类物质、有机酸的含量显著增加,而脂肪酸的含量则显著下降。与此同时,大豆异黄酮作为一类重要的抗逆活性物质,其生物合成在转录水平和代谢水平均受到田间霉变的诱导。田间霉变诱发大豆籽粒的防御机制,通过分解和消耗储藏性物质为防御体系的构建提供能量和底物,但储藏性物质的消耗导致了大豆品质劣变。本研究为深入了解大豆籽粒田间霉变的机制提供了重要的理论基础,同时也为抗田间霉变大豆品种的筛选指明方向。

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Cite this article: DENG Jun-cai, LI Xiao-man, XIAO Xin-li, WU Hai-jun, YANG Cai-qiong, LONG Xi-yang, ZHANG Qi-hui, Nasir IQBAL, WANG Xiao-chun, YONG Tai-wen, DU Jun-bo, YANG Feng, LIU Wei-guo, ZHANG Jing, WU Xiao-ling, WU Yu-shan, YANG Wen-yu, LIU Jiang. 2022. Field mold stress induced catabolism of storage reserves in soybean seed and the resulting deterioration of seed quality in the field. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 336–350.


Optimal management of nitrogen fertilizer in the main rice crop and its carrying-over effect on ratoon rice under mechanized cultivation in Southeast China

华东南地区机械化栽培下头季稻氮肥的优化管理及其对再生稻的递延效应

✺ HUANG Jin-wen, WU Jia-yi, CHEN Hong-fei, ZHANG Zhi-xing, FANG Chang-xun, SHAO Cai-hong, LIN Wei-wei, WENG Pei-ying, Muhammad Umar KHAN, LIN Wen-xiong

本试验以“甬优1540”为材料,通过2年的田间重复试验,在头季稻总施纯氮量(225.00kg·hm-2)不变的前提下,设置头季不同氮肥运筹处理(基肥:第一次分蘖肥:第二次分蘖肥:穗肥比分别为3:1:2:4(N1)、3:2:1:4(N2)、3:3:0:4(N3)、4:3:0:3(N4)),从水稻群体分蘖特性、冠层结构特点、光合生理变化及干物质积累与运转规律入手,探讨了东南稻作区机械化栽培下头季稻氮肥运筹对再生稻产量形成的影响。结果表明,头季前氮后移施肥的N1处理有助于增加头季分蘖数,提高分蘖成穗率,N1处理成穗率高达70.18%,比基蘖肥比重高的当地常规施肥N4处理提高了9.15%。N1处理还有助于提高群体LAI值,其头季及再生季齐穗期LAI值分别比N4处理提高了16.52%和29.87%。就茎鞘物质运转率及冠层光能截获率而言,N1处理下其头季稻茎鞘物质运转率比N4处理提高了50.57%,而其再生季齐穗期的冠层光能截获率比N4处理提高了5.07%。在本试验中,头季稻前氮后移的N1处理两季实际总产量最高,2年平均实际总产达17351.23 kg hm-2,比当地常规施肥N4处理提高了23.00%。由此可见,头季稻合理氮肥处理有利其提高健桩存量,从而为再生季作物的群体及产量形成奠定基础。在本研究中,低留桩机械化栽培下头季稻适当的前氮后移,不仅提高头季稻产量,而且还有利其再生腋芽的萌发,增加再生季成穗率,从而实现水稻一种两收目的。

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HUANG Jin-wen, WU Jia-yi, CHEN Hong-fei, ZHANG Zhi-xing, FANG Chang-xun, SHAO Cai-hong, LIN Wei-wei, WENG Pei-ying, Muhammad Umar KHAN, LIN Wen-xiong. 2022. Optimal management of nitrogen fertilizer in the main rice crop and its carrying-over effect on ratoon rice under mechanized cultivation in Southeast China. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 351–364.


Dynamics of maize grain drying in the high latitude region of Northeast China中国东北高纬度地区玉米籽粒田间干燥动态研究✺ CHU Zhen-dong, MING Bo, LI Lu-lu, XUE Jun, ZHANG Wan-xu, HOU Liang-yu, XIE Rui-zhi, HOU Peng, WANG Ke-ru, LI Shao-kun

玉米收获时籽粒含水率高是中国东北高纬度地区玉米生产面临的重要问题,这与品种熟期、区域气候条件以及栽培管理技术密切相关。延迟至冬季收获不能有效降低籽粒含水率以解决上述问题。2016至2017年,在黑龙江省大庆市试验点,连续观测了不同成熟型玉米品种生理成熟后籽粒田间干燥情况。采用两段线性模型对籽粒含水率与外界气象因子进行了阶段性分析。1)两段线性模型可以将各品种的籽粒干燥过程划分为两个不同斜率的单独线性干燥过程,且拟合精度良好。2)快速干燥阶段,温度越高,干燥速度越快。而大气水汽压条件对慢速干燥过程的速率有影响。3)干燥速率由快速干燥阶段转为慢速干燥阶段时的籽粒含水率以及气象因子在品种和年份之间不一致,这两者并非是干燥速率明显变化的关键因素。但霜冻后,气温<0℃会显著降低籽粒干燥速率。4)早熟品种生育期短,干燥时间得以延长,籽粒含水率显著低于中晚熟品种。由于气温下降迅速,籽粒的干燥速率显著降低,中晚熟品种难以在田间干燥至较低的含水率水平。因此,更换早熟品种并实施相应的栽培技术是解决高含水率问题的可行途径。

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CHU Zhen-dong, MING Bo LI Lu-lu, XUE Jun, ZHANG Wan-xu, HOU Liang-yu, XIE Rui-zhi, HOU Peng, WANG Ke-ru, LI Shao-kun. 2022. Dynamics of maize grain drying in the high latitude region of Northeast China. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 365–374.

Differences in parameter estimates derived from various methods for the ORYZA (v3) Model

基于不同方法的ORYZA (v3) 模型参数估计值的差异性

✺ TAN Jun-wei, DUAN Qing-yun, GONG Wei, DI Zhen-hua

本研究采用3种常规优化方法 (SCE-UA、GA、PEST) 和2种基于贝叶斯原理的优化方法 (GLUE、MCMC-AM) 对ORYZA (v3) 模型中的9个作物参数进行估计。结果表明,基于不同参数估计方法得到的参数值存在较大的差异且对模型模拟结果具有较大的影响。基于SCE-UA、GA、PEST方法得到的参数值对参数初始值比较敏感,但敏感程度随算法和目标函数的不同而存在明显的差异。在常规的优化方法中,SCE-UA方法兼备收敛的稳定性和较高的效率,适用性较好。基于所有优化方法的参数值都显著提高了模型拟合的精度,其中贝叶斯方法的有效性总体上弱于常规方法,但基于MCMC-AM方法得到的参数后验分布对应概率密度最大的参数值 (MCMC_Pmax) 与常规法方法得出的结果具有相当的有效性,甚至效果更好。此外,模型中物候参数值的准确性在验证期对模拟结果的精度具有较大的影响。

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TAN Jun-wei, DUAN Qing-yun, GONG Wei, DI Zhen-hua. 2022. Differences in parameter estimates derived from various methods for the ORYZA (v3) Model. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 375–388.



Horticulture



Genome-wide identification and expression analysis of GDSL esterase/lipase genes in tomato番茄GDSL酯酶/脂肪酶基因的全基因组鉴定和表达分析SUN Yao-guang, HE Yu-qing, WANG He-xuan, JIANG Jing-bin, YANG Huan-huan, XU Xiang-yang

本研究首次在番茄中鉴定了80个GDSL酯酶/脂肪酶家族基因成员,命名为SlGELP1-80。对这些基因在染色体上的位置进行定位,并对它们的理化性质、基因结构、系统发育关系、共线关系和顺式作用元件进行分析。SlGELP基因在番茄中的时空表达特征具有多样性。此外,结合RNA-seq分析表明,番茄接种Stemphylium lycopersici前后SlGELP基因的表达模式不同。用qRT-PCR方法验证了番茄接种S. lycopersici病原菌以及分别喷施SA和JA处理后5个显著差异SlGELP基因的表达。本研究首次利用生物信息学方法鉴定和分析了番茄GDSL酯酶/脂肪酶家族基因,为提高植物抗病性研究提供了新的思路。

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SUN Yao-guang, HE Yu-qing, WANG He-xuan, JIANG Jing-bin, YANG Huan-huan, XU Xiang-yang. 2022. Genome-wide identification and expression analysis of GDSL esterase/lipase genes in tomato. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 389–406.


Transcriptomic profiling of watermelon (Citrullus lanatus) provides insights into male flowers development西瓜不同雄花发育阶段的转录组分析✺ ZHU Ying-chun, YUAN Gao-peng, JIA Sheng-feng, AN Guo-lin, LI Wei-hua, SUN De-xi, LIU Jun-pu

本研究通过细胞学观察,对西瓜新品种‘新特大郑抗9号’雄花发育的不同阶段进行了区分,并进行了转录组测序分析。对花药进行醋酸洋红染色,并测定未开放雄花的纵横径。对花药不同发育时期的细胞学观察表明,花药从四分体生长到成熟期,其纵横径逐渐增大,雄花的花蕾长度在发育过程中也发生了显著的变化。对花药发育的四分体期(A组)、单核期(B组)、双核期(C组)和成熟期(D组)四个发育时期进行转录组测序分析。结果表明,四个阶段总共发现了16288个差异表达基因(DEGs),随着发育阶段的延伸,各比较组间的DEGs数量逐渐增加,6个比较组 (A-VS-B、A-VS-C、A-VS-D、B-VS-C、B-VS-D和C-VS-D) 的DEGs分别为2014、3259、4628、1490、3495和1132个。GO和KEGG富集分析表明,DEGs主要富集于细胞组分、淀粉和蔗糖代谢、苯丙类生物合成和戊糖合成等途径。最后,我们在6个比较组中共筛选了59个DEGs,有趣的是,我们发现一个花粉特异表达蛋白(Cla001608)显著下调(log2Fold Change值高达17.32),这表明它可能在雄花发育中起重要作用。本研究为了解西瓜雄性花发育阶段的分子基础提供了依据,并有助于优势杂交育种。

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ZHU Ying-chun, YUAN Gao-peng, JIA Sheng-feng, AN Guo-lin, LI Wei-hua, SUN De-xi, LIU Jun-pu. 2022. Transcriptomic profiling of watermelon (Citrullus lanatus) provides insights into male flowers development. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 407–421.


Response of carbohydrate metabolism-mediated sink strength to auxin in shoot tips of apple plants

苹果植物茎尖中碳水化物代谢介导库强对生长素的响应

✺ SU Jing, CUI Wei-fang, ZHU Ling-cheng, LI Bai-yun, MA Feng-wang, LI Ming-jun

本研究发现外源IAA主要通过调节MdSUSY1MdFRK2MdHxK1MdSDH2的转录水平进而改变茎尖中果糖(Fru)、葡萄糖(Glc)和蔗糖(Suc)浓度。此外,利用五年生的“Royal Gala”苹果树进一步验证这些基因在调控库强方面的主要作用。结果表明,MdSUSY1MdFRK2MdHxK1/3MdSDH2可能是库强调节的主要贡献基因。综上所述,这些结果为碳水化合物代谢机制的调控提供了新的视角,将有助于调节库强和产量。

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SU Jing, CUI Wei-fang, ZHU Ling-cheng, LI Bai-yun, MA Feng-wang, LI Ming-jun. 2022. Response of carbohydrate metabolism-mediated sink strength to auxin in shoot tips of apple plants. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 422–433.


Comprehensive evaluation of 20 pomegranate (Punica granatum L.) cultivars in China

中国20个主栽石榴品种的综合评价

CHEN Yan-hui, GAO Hui-fang, WANG Sa, LIU Xian-yan, HU Qing-xia, JIAN Zai-hai, WAN Ran, SONG Jin-hui, SHI Jiang-li

本文测定了中国6个地区20个石榴品种的果实形态特征和化学成分,通过主成分分析进行全面综合评价,结果表明‘御石榴1’,‘泰山红2’,‘突尼斯’软籽和‘慕乐’是非常有发展潜力的石榴品种,其中前两个品种是由中国科研人员培育。尤其是,在中国栽培的‘慕乐’比西班牙栽培的果实更大,且假种皮含水量更高。在20个石榴品种中,假种皮中花青素含量较高的是‘土耳其’,‘墨玉’和‘红天使’,适于提取天然食用红色素;而红色果皮的‘红如意’和‘红双喜’,其假种皮富含维生素C,汁液丰富,且较低的可滴定酸,可进一步开发多种用途。而且,对比四个地区种植的‘突尼斯’软籽石榴,发现栽培地区对果实性状的影响大于基因型的影响。此外,还建立了中国石榴品种的成熟指数。因此本研究能为石榴的农业生产、工业利用,以及育种研究提供指导。

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CHEN Yan-hui, GAO Hui-fang, WANG Sa, LIU Xian-yan, HU Qing-xia, JIAN Zai-hai, WAN Ran, SONG Jin-hui, SHI Jiang-li. 2022. Comprehensive evaluation of 20 pomegranate (Punica granatum L.) cultivars in China. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 434–445.



Plant Protection



Proteomic analysis of pathogen-responsive proteins from maize stem apoplast triggered by Fusarium verticillioides✺ Hafiz ABDUL HASEEB, ZHANG Jun, GUO Yu-shuang, GAO Mei-xu, GUO Wei

This study utilized the mass spectrometry (LC-MS/MS) and label-free quantification method to analyze the apoplastic fluid (APF) from maize stalk and identified the proteins responsive to the Fusarium verticillioides infection.  We have identified 742 proteins, and among these, 119 proteins were differentially accumulated (DAPs), i.e., 35 up-regulated, 18 down-regulated, and 66 proteins were only induced by the pathogen infection.  The differentially accumulated proteins were analyzed for their Gene Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Gene and Genomes (KEGG) pathway enrichment.  The highly enriched Biological Process (BP) term was the L-serine biosynthesis process, whereas the most enriched Molecular Function (MF) term was the cysteine-type endopeptidase inhibitor activity.  It was also found that the pathways related to the biosynthesis of amino acid, biosynthesis of secondary metabolites, protein processing in the endoplasmic reticulum, and carbohydrate metabolic pathways were significantly enriched.  Moreover, 61 out of 119 differentially accumulated proteins were predicted as secretory proteins.  The secretory pathways analysis showed that a greater number of proteins were secreted through the conventional secretion system compared to the unconventional secretion system.  The identified secreted proteins were related to a variety of pathways in defense responses including cell redox homeostasis, cell wall modification, signal transduction, carbohydrate metabolism, binding proteins (metal ion binding, RNA binding and heme-binding), maintenance and stabilization of other proteins, indicating a complex response from the plant to the fungal infection.  Our data suggested that a number of host proteins belonging to various pathways have been modulated in the apoplastic region.

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Hafiz ABDUL HASEEB, ZHANG Jun, GUO Yu-shuang, GAO Mei-xu, GUO Wei. 2022. Proteomic analysis of pathogen-responsive proteins from maize stem apoplast triggered by Fusarium verticillioides. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 446–459.


A rapid, low-cost deep learning system to classify strawberry disease based on cloud service快速,低成本的深度学习系统可基于云服务对草莓病害进行分类✺ YANG Guo-feng, YANG Yong, HE Zi-kang, ZHANG Xin-yu, HE Yong

本研究开发并评估一种快速,低成本的系统,用于对草莓种植中的病害进行分类。这涉及设计一个易于使用的基于云服务的草莓病害识别系统,并结合我们提出的新颖的自监督多网络协作的分类模型,它由定位网络、反馈网络和分类网络组成,以识别草莓常见病害的类别。该模型借助新颖的自我监督机制,可以有效地识别草莓病害图像中的病害区域,而不需要边界框等标注。使用准确率,精确率,召回率和值来评估分类效果,测试集的结果分别为92.48%,90.68%,86.32%和88.45%。与流行的卷积神经网络和其他五种方法相比,该网络实现了更好的病害分类效果。目前,系统的客户端(小程序)已上线微信平台。小程序在实际测试中分类效果良好,验证了系统的可行性和有效性,能够为草莓病害识别的智能化研究与应用提供参考。

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YANG Guo-feng, YANG Yong, HE Zi-kang, ZHANG Xin-yu, HE Yong. 2022. A rapid, low-cost deep learning system to classify strawberry disease based on cloud service. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 460–473.


Expression profiles and functional prediction of ionotropic receptors in Asian corn borer, Ostrinia furnacalis (Lepidoptera: Crambidae)亚洲玉米螟离子型受体的表达谱分析和功能预测✺ ZHANG Yu, YANG Bin, YU Jie, PANG Bao-ping, WANG Gui-rong

本文通过组织特异性表达分析、系统进化分析、和触角电位反应实验对亚洲玉米螟IR的表达、进化和潜在功能进行了研究。结果表明:除IR75p3外,其余20个IR均在亚洲玉米螟的触角中高表达,其中有10个IR在亚洲玉米螟的口器中高表达,9个IR在亚洲玉米螟的外生殖器中高表达,说明这些IR可能与亚洲玉米螟的取食和产卵行为相关。此外,在触角电位实验中,7种酸类化合物能够激活亚洲玉米螟成虫的触角并引起电位反应,其中2-氧代戊酸可以特异性引起亚洲玉米螟雌性成虫触角较高的电位反应。结合系统进化分析,我们推测在进化树第4分支上的10个IR可能是识别2-氧代戊酸等酸类化合物的受体。本研究为亚洲玉米螟IR的功能研究提供了基础的信息,有助于进一步深入研究亚洲玉米螟的嗅觉感受系统。

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ZHANG Yu, YANG Bin, YU Jie, PANG Bao-ping, WANG Gui-rong. 2022. Expression profiles and functional prediction of ionotropic receptors in Asian corn borer, Ostrinia furnacalis (Lepidoptera: Crambidae). Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 474–485.



Animal Science • Veterinary Medicine



A comprehensive evaluation of factors affecting the accuracy of pig genotype imputation using a single or multi-breed reference population基于单个或多个品种参考群体评估影响猪基因型填充准确性的因素✺ ZHANG Kai-li, PENG Xia, ZHANG Sai-xian, ZHAN Hui-wen, LU Jia-hui, XIE Sheng-song, ZHAO Shu-hong, LI Xin-yun, MA Yun-long

本研究使用50K芯片数据,基于单品系(大白A系)和多品种(大白A系,大白B系,杜洛克,长白)参考群体评估了填充精度随验证群体标记密度、参考群体样本量、最小等位基因频率和参考群体组成四种影响因素的变化,并比较了Beagle 4.1、FImpute、IMPUTE2 和MaCH-Admix四种填充软件的填充准确率和运行时间。通过计算填充后SNPs和真实SNPs间的基因型一致率和皮尔森相关性获得填充精度。首先,我们通过随机缺失验证群体中20%、45%、70%、95%和99%的SNPs来模拟低密度芯片,以研究标记密度的影响。然后,我们从原参考群体中随机抽取8、86、173、434和868头猪作为新的参考群体来研究参考群体样本量对填充精度的作用。对于最小等位基因频率,SNPs按等位基因频率被分为7类,分别计算每类SNPs的填充准确性。结果显示,随着验证群体标记密度,参考群体样本量和最小等位基因频率增加,填充准确性增加。当参考群体为与验证群体品系一致的单品系群体时,填充准确性较高,其他品种(系)的添加会导致相对略差的填充结果。此外,随着参考群体中主效品系样本量的增加,填充准确性也会提高。在所有填充情景中,综合考虑填充精度和运行时间,Beagle 4.1和FImpute优于IMPUTE2和MaCH-Admix。这项工作使从事相关研究的人员能够更直观地了解这些影响因素对填充的影响,并为实际猪育种中实施填充策略提供实践指导。

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ZHANG Kai-li, PENG Xia, ZHANG Sai-xian, ZHAN Hui-wen, LU Jia-hui, XIE Sheng-song, ZHAO Shu-hong, LI Xin-yun, MA Yun-long. 2022. A comprehensive evaluation of factors affecting the accuracy of pig genotype imputation using a single or multi-breed reference population. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 486–495.


C-type natriuretic peptide stimulates chicken myoblast differentiation through NPRB/NPRC receptors and metabolism pathwayC型利钠肽通过NPRB/NPRC-代谢通路促进鸡成肌细胞分化的机制研究✺ HUANG Hua-yun, LIANG Zhong, LIU Long-zhou, LI Chun-miao, HUANG Zhen-yang, WANG Qian-bao, LI Shou-feng, ZHAO Zhen-hua 

本研究利用CCK8和EDU染色法检测成肌细胞的增殖,Q-PCR技术检测相关基因的表达,转录组测序及生物信息学分析筛选成肌细胞中响应CNP调控的差异基因及显著富集的信号通路。结果表明:与对照组相较,外源添加CNP后,成肌细胞的增殖能力显著增强(P<0.05);成肌细胞分化的标志基因MYOD和MYOG表达显著上升(P<0.05);CNP的特异性受体NPRB(Natriuretic peptide receptor B) 和清除性受体NPRC(Natriuretic peptide receptor C)的表达显著上调(P<0.05);转录组测序分析结果表明,142个差异基因(上调基因84个,下调基因58个)响应CNP对成肌细胞分化的调控作用(P<0.05);142个差异表达基因显著富集在8个信号通路(P<0.05),而代谢通路里富集了16个差异表达基因,其中phospholipase C delta 4(PLCD4)、phospholipase C β2(PLCB2)、phosphoglycerate mutase 1(PGAM1)、creatine kinase B(CKB)、peroxiredoxin 6(PRDX6)和CD38这6个基因与骨骼肌的发育密切相关。综上所述,CNP通过上调NPRB/NPRC及富集在代谢通路里的关键基因(PLCD4、PLCβ2、PGAM1、CKB、PRDX6和CD38)促进成肌细胞的分化。本研究利用功能基因验证法和高通量转录组测序法相结合的方法,首次系统阐述了CNP对成肌细胞分化的调控作用及机制,为更好地理解利钠肽家族在骨骼肌发育中的作用及机制奠定了基础。

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HUANG Hua-yun, LIANG Zhong, LIU Long-zhou, LI Chun-miao, HUANG Zhen-yang, WANG Qian-bao, LI Shou-feng, ZHAO Zhen-hua. 2022. C-type natriuretic peptide stimulates chicken myoblast differentiation through NPRB/NPRC receptors and metabolism pathway. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 496–503.


Construction of a telomerase-immortalized porcine tracheal epithelial cell model for swine-origin mycoplasma infection

端粒酶法永生化猪气管上皮细胞感染模型的建立及其在猪源支原体感染上的应用

✺ XIE Xing, HAO Fei, WANG Hai-yan, PANG Mao-da, GAN Yuan, LIU Bei-bei, ZHANG Lei, WEI Yan-na, CHEN Rong, ZHANG Zhen-zhen, BAO Wen-bin, BAI Yun, SHAO Guo-qing, XIONG Qi-yan, FENG Zhi-xin

该研究提供了详细的分离和培养原代PTEC的方法步骤。随后通过用含有人端粒酶逆转录酶(hTERT)的重组构建的质粒pEGFP-hTERT转染原代PTECs,通过两轮G418的抗性筛选,建立永生化的猪气管上皮细胞系(hTERT-PTECs),并可传代至60代以上。通过比较原代与永生化细胞的上皮细胞表面标志物角蛋白18的表达,细胞周期,细胞生长曲线,端粒酶活性,染色体核型分析,端粒酶基因的蛋白质印记检测,软琼脂和裸鼠成瘤试验,增殖能力等相关基因的定量PCR检测,不仅证实了永生化细胞具备了原代细胞的形态及功能特性,与原代PTECs相比,hTERT-PTEC也具有更长的寿命,更高的端粒酶活性和增殖活性。裸鼠体内未表现出恶性表型,表明该细胞系不具有致瘤性。将不同的猪源支原体菌株感染hTERT-PTECs,通过颜色变化单位CCU50黏附率的定量计算,hTERT-PTECs对所有猪源支原体易感,且原代和永生化细胞之间的黏附能力无显著差异。而对于代表性的Mhp,DNA拷贝定量实时PCR测定,间接免疫荧光测定和蛋白质印迹分析表明hTERT-PTECs能够粘附不同毒力的Mhp菌株。总之,与原代PTECs类似,hTERT-PTECs可以广泛用作猪源支原体的粘附细胞模型,并可用于多种猪呼吸道病原体的感染研究

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XIE Xing,  HAO Fei, WANG Hai-yan, PANG Mao-da, GAN Yuan, LIU Bei-bei, ZHANG Lei, WEI Yan-na, CHEN Rong, ZHANG Zhen-zhen, BAO Wen-bin, BAI Yun, SHAO Guo-qing, XIONG Qi-yan, FENG Zhi-xin. 2022. Construction of a telomerase-immortalized porcine tracheal epithelial cell model for swine-origin mycoplasma infection. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 504–520.



Agro-Ecosystem & Environment



Long-term straw return influenced ammonium ion retention at the soil aggregate scale in an Anthrosol with rice–wheat rotations in China稻麦轮作系统长期秸秆还田对铵离子在团聚体尺度上固持的影响ZHANG Wen-zhao, CHEN Xiao-qin, WANG Huo-yan, WEI Wen-xue, ZHOU Jian-min

本研究以太湖流域的稻麦轮作长期定位试验为研究对象,选取不施肥(CK)、无机氮磷钾肥(NPK)和无机氮磷钾肥配施秸秆还田等三个施肥处理,采用湿筛法筛分微团聚体(<0.25 mm),微团聚体有机碳采用H2O2氧化去除,目的在于评估长期秸秆还田对微团聚体吸附和固定NH4+的影响。结果表明长期秸秆还田可显著提高微团聚体有机碳含量和促进微团聚体对NH4+的吸附,但抑制了微团聚体对NH4+的固定。随着有机碳含量的增加,微团聚体对NH4+的吸附潜力和吸附强度增加,但对NH4+的固定降低,表明有机碳影响NH4+吸附固定的重要性。微团聚体经有机碳氧化后,NPKS处理对NH4+的吸附潜力明显下降,但三个施肥处理对NH4+的固定能力明显增强,这进一步证实了有机碳在NH4+吸附固定方面的重要性。因此,长期秸秆还田可通过提高土壤有机碳含量影响NH4+的吸附固定,进而提高稻麦轮作系统土壤氮的生物有效性和减少肥料氮的损失。

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ZHANG Wen-zhao, CHEN Xiao-qin, WANG Huo-yan, WEI Wen-xue, ZHOU Jian-min. 2022. Long-term straw return influenced ammonium ion retention at the soil aggregate scale in an Anthrosol with rice–wheat rotations in China. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 521–531.


Grain zinc and iron concentrations of Chinese wheat landraces and cultivars and their responses to foliar micronutrient applications我国小麦农家种和选育品种籽粒锌、铁含量差异及对叶面施肥的响应✺ JIANG Li-na, MA Jing-li, WANG Xiao-jie, LIU Gang-gang, ZHU Zhao-long, QI Chen-yang, ZHANG Ling-fang, LI Chun-xi, WANG Zhi-min, HAO Bao-zhen

以28份小麦农家种和63份选育品种为供试验材料开展田间试验,研究小麦农家种和选育品种籽粒锌、铁含量差异及对叶面施肥的响应。研究表明,供试小麦品种的平均锌含量为41.8 mg kg-1(29.0-63.3 mg kg-1),平均铁含量为39.7 mg kg-1 (27.9-67.0 mg kg-1)。小麦农家种的锌和铁含量分别比选育品种高11.0%和4.8%,但小麦农家种的收获指数、单穗粒重、单穗粒数和千粒重均低于选育品种。相关分析表明,籽粒锌、铁含量均与收获指数、单穗粒重和单穗粒数呈显著负相关,而与千粒重相关性较低,据此可推测,农家种籽粒锌、铁含量高于选育品种可能与农家种的收获指数、单穗粒重和单穗粒数较低有关,而与千粒重无关。叶面喷施锌肥,农家种和选育品种的籽粒锌含量均显著增加,农家种的籽粒锌含量增加了12.6 mg kg-1,约是选育品种的两倍(6.4 mg kg-1)。叶面喷施铁肥,农家种和选育品种的籽粒铁含量分别增加了3.4和1.2 mg kg-1,均没有达到显著水平。可以看出,与小麦选育品种相比,农家种不仅籽粒锌、铁含量较高,且在叶面施锌条件下籽粒锌含量增幅较大,表明我国小麦农家种可作为潜在种质资源用于提高现代选育品种的微量元素含量。

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JIANG Li-na, MA Jing-li, WANG Xiao-jie, LIU Gang-gang, ZHU Zhao-long, QI Chen-yang, ZHANG Ling-fang, LI Chun-xi, WANG Zhi-min, HAO Bao-zhen. 2022. Grain zinc and iron concentrations of Chinese wheat landraces and cultivars and their responses to foliar micronutrient applications. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 532–541.


Preparation and efficacy evaluation of Paenibacillus polymyxa KM2501-1 microbial organic fertilizer against root-knot nematodes多粘类芽胞杆菌KM2501-1微生物有机肥的制备及抗根结线虫效果评价✺ CHENG Wan-li, ZENG Li, YANG Xue, HUANG Dian, YU Hao, CHEN Wen, CAI Min-min, ZHENG Long-yu, YU Zi-niu, ZHANG Ji-bin

本研究开发了一种利用亮斑扁角水虻幼虫和枯草芽胞杆菌BSF-CL联合将鸡粪转化为鸡粪有机肥的方法,然后将鸡粪有机肥与多粘类芽胞杆菌KM2501-1充分混合,最终浓度为1.5×108 CFU g-1。通过盆栽和大田试验,研究了KM2501-1微生物有机肥防治根结线虫的效果。盆栽试验中,施用KM2501-1微生物有机肥作为基肥或熏蒸剂,40 g/盆,对根结病的抑制率分别为61.76%和69.05%。KM2501-1微生物有机肥在田间试验中以1 kg m-2作为熏蒸剂施用,可促进番茄植株生长,抑制根结线虫病49.97%,减少土壤根结线虫二期幼虫88.68%。在盆栽和田间试验中,KM2501-1微生物有机肥对根结线虫的控制效果均优于市售生物有机肥。研究结果表明,这种共转化工艺能有效地将鸡粪转化为高附加值的幼虫生物量和KM2501-1微生物有机肥,作为新的线虫控制剂具有潜在的应用前景。

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CHENG Wan-li, ZENG Li, YANG Xue, HUANG Dian, YU Hao, CHEN Wen, CAI Min-min, ZHENG Long-yu, YU Zi-niu, ZHANG Ji-bin. 2022. Preparation and efficacy evaluation of Paenibacillus polymyxa KM2501-1 microbial organic fertilizer against root-knot nematodes. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 542–551.



Agricultural Economics and Management



Black tea markets worldwide: Are they integrated?

世界红茶市场是融合的吗?

✺ XU Yong-mei, QIAO Fang-bin, HUANG Ji-kun

近年来,随着国际贸易的快速扩张,全球茶叶消费显著增长。然而,现有的文献却缺乏对全球主要茶叶市场融合的系统研究。本研究实证分析了2012年到2019年间世界主要红茶拍卖市场的每周价格序列。研究结果表明,经管存在异质性,世界主要红茶拍卖市场是融合的。这一结论不仅适用于区域性的茶叶市场,也适用于国际性的茶叶市场。该研究结论对以数百万小农为主的茶叶主产国具有重要政策含义。

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XU Yong-mei, QIAO Fang-bin, HUANG Ji-kun. 2022. Black tea markets worldwide: Are they integrated? Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 552–565.


Changes in paddy cropping system enhanced economic profit and ecological sustainability in central China

稻作模式转变提高了华中地区水稻种植的经济效益和生态可持续性

✺ ZHOU Yong, YAN Xiao-yuan, GONG Song-ling, LI Cheng-wei, ZHU Rong, ZHU Bo, LIU Zhang-yong, WANG Xiao-long, CAO Peng

在中国南方稻作区,传统的早稻-晚稻双季稻模式(DR)种植面积迅速减少,同时,再生稻(RR)和稻虾(RC)作为两种新兴稻作模式正快速发展。本文采用能值分析法和生命周期评价法评估了稻作模式转变对水稻生产经营经济效益和生态可持续性的影响。经济效益分析结果表明:RC的生产产值和利润远大于RR和DR,RR和RC比DR的产投比分别提高了25.5和122.7%。与DR相比,由于较高的灌溉水、电力、幼虾苗和饲料等生产资料的投入,RC增加了能值投入,而RR则具有较低的总能值和不可再生能值投入,如灌溉水、电力、肥料和农药等。当稻作模式从DR转变为RR或者RC时,水稻生产的环境负载率分别减少了20.4和38.2%,而能值可持续性指标增加了34.8和65.2%。生命周期评价结果表明:RR和RC具有较低的潜在环境影响,它们的综合环境影响指数比DR分别低35.0和61.0%。与DR相比,RR的稻谷产量没有明显下降,但显著减少了经济成本和能值投入,而RC模式下稻谷产量下降严重(与RR相比减少了53.6%)。综上,再生稻模式是一种更有利于全面实现粮食安全、经济效益和生态可持续的种植模式。

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ZHOU Yong, YAN Xiao-yuan, GONG Song-ling, LI Cheng-wei, ZHU Rong, ZHU Bo, LIU Zhang-yong, WANG Xiao-long, CAO Peng. 2022. Changes in paddy cropping system enhanced economic profit and ecological sustainability in central China. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 566–577.



Short Communication



Waxy allele diversity in waxy maize landraces of Yunnan Province, China云南糯玉米地方品种中的waxy等位基因多样性✺ WU Xiao-yang, LONG Wen-jie, CHEN Dan, ZHOU Guo-yan, DU Juan, WU Shao-yun, CAI Qing

糯玉米是主要的鲜食玉米类型之一,waxy基因突变导致了玉米籽粒的糯性。中国糯玉米地方品种丰富,云南及其周边地区被认为是糯玉米的起源中心和遗传多样性中心。已知中国糯玉米waxy等位基因包括wx-D7wx-D10wx-Cin4wx-124wx-Reinawx-xuanwei。这些等位基因的突变位点都发生在waxy基因的编码区,而调控区引起waxy基因的突变在玉米中却鲜有报道。本研究以405份云南糯玉米地方品种为材料,通过分子标记检测,鉴定waxy基因上游3.5Kb调控区的大片段插入和缺失。研究发现三类不同的waxy等位基因:wx-PIF/Harbingerwx-hATwx-Elote2。三类等位基因分别属于304bp的PIF/Harbinger家族MITE类转座子的插入、560bp的hAT家族MITE类转座子的插入和6560bp的LTR-like转座子的插入。此外研究中完成了云南70%以上的糯玉米地方品种waxy等位基因的鉴定,可为糯玉米地方品种的利用提供基础。

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WU Xiao-yang, LONG Wen-jie, CHEN Dan, ZHOU Guo-yan, DU Juan, WU Shao-yun, CAI Qing. 2022. Waxy allele diversity in waxy maize landraces of Yunnan Province, China. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 578–585.


Molecular and morphological characterization of stunt nematodes of wheat, maize, and rice in the savannahs of northern Nigeria✺ Sulaiman ABDULSALAM, PENG Huan, LIU Shi-ming, HUANG Wen-kun, KONG Ling-an, PENG De-liang

The objective of this study was to identify and characterize stunt nematodes present in 54 fields cultivated with cereals crops (wheat, maize and rice) in the Savannahs of Nigeria using integrative taxonomy and molecular approaches. The molecular and morphological studies identified and confirmed the presence of T. annulatus as the occurring specie in the Nigerian Savannahs. The phylogenetic analysis carried out using the internal transcribed spacer (ITS) and 28S genes of ribosomal DNA further confirmed the presence of T. annulatus. The first molecular characterization and sequences of the ITS and 28S rDNA gene for T. annulatus from Nigeria were provided in this research. Also, from our literature search, this is the first report of T. annulatus on wheat, maize and rice in the savannahs of Nigeria. Further study to test the pathogenicity of this parasitic nematode species found in this survey on cereal crops needs is recommended for the prioritization and development of efficient management strategies.

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Sulaiman ABDULSALAM, PENG Huan, LIU Shi-ming, HUANG Wen-kun, KONG Ling-an, PENG De-liang. 2022. Molecular and morphological characterization of stunt nematodes of wheat, maize, and rice in the savannahs of northern Nigeria. Journal of Integrative Agriculture, 21(2): 586–595.


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Journal of Integrative Agriculture (《农业科学学报》(英文), JIA) 由中华人民共和国农业农村部主管,中国农业科学院与中国农学会主办,中国农业科学院农业信息研究所承办。综合性英文学术期刊,月刊。创刊于2002年,主编为中国工程院院士万建民。JIA主要栏目有作物学、园艺、植物保护、动物科学、动物医学、资源环境、食品科学、农业经济与管理等,刊稿类型有综述、研究论文、简报以及评述等。全部论文在Elsevier-ScienceDirect (SD)平台OA出版。最新SCI影响因子2.848,位于SCI-JCR农业综合学科Q1区,中科院分区农林类期刊二区。2016年以来先后获得中国科协等部委 “提升计划”“登峰计划”“卓越计划”项目支持。

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